MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS046_spA

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009345	CCT	2	6	519	524	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294026
2	NC_009345	TCG	2	6	586	591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
3	NC_009345	GCG	2	6	617	622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294026
4	NC_009345	GCC	2	6	645	650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294026
5	NC_009345	CTC	2	6	681	686	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294026
6	NC_009345	TCA	2	6	719	724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294026
7	NC_009345	GAAGC	2	10	768	777	40 %	0 %	40 %	20 %	145294026
8	NC_009345	GC	4	8	831	838	0 %	0 %	50 %	50 %	145294026
9	NC_009345	AGC	2	6	853	858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294026
10	NC_009345	GCCT	2	8	859	866	0 %	25 %	25 %	50 %	145294026
11	NC_009345	GTC	3	9	903	911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
12	NC_009345	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294026
13	NC_009345	GCT	2	6	1010	1015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
14	NC_009345	GTC	2	6	1045	1050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
15	NC_009345	GGC	2	6	1086	1091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294026
16	NC_009345	ATA	2	6	1150	1155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294027
17	NC_009345	CCA	2	6	1159	1164	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294027
18	NC_009345	CG	3	6	1186	1191	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
19	NC_009345	TGC	2	6	1309	1314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
20	NC_009345	CCT	2	6	1319	1324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294027
21	NC_009345	ACG	2	6	1345	1350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294027
22	NC_009345	CTG	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
23	NC_009345	GC	3	6	1420	1425	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
24	NC_009345	GCG	2	6	1442	1447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294027
25	NC_009345	GCT	2	6	1476	1481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
26	NC_009345	CAT	2	6	1493	1498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294027
27	NC_009345	CCTTT	2	10	1509	1518	0 %	60 %	0 %	40 %	145294027
28	NC_009345	GC	4	8	1613	1620	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
29	NC_009345	TTCGGG	2	12	1647	1658	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	145294027
30	NC_009345	C	6	6	1702	1707	0 %	0 %	0 %	100 %	145294027
31	NC_009345	TTC	2	6	1716	1721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
32	NC_009345	GCCG	2	8	1795	1802	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
33	NC_009345	CGCT	2	8	1825	1832	0 %	25 %	25 %	50 %	145294027
34	NC_009345	CGT	2	6	1859	1864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
35	NC_009345	CGC	2	6	1865	1870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294027
36	NC_009345	TCT	2	6	1882	1887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
37	NC_009345	TCA	2	6	1888	1893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294027
38	NC_009345	GCCG	2	8	1913	1920	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
39	NC_009345	GCC	2	6	2040	2045	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294027
40	NC_009345	GATG	2	8	2128	2135	25 %	25 %	50 %	0 %	145294027
41	NC_009345	TGCT	2	8	2155	2162	0 %	50 %	25 %	25 %	145294027
42	NC_009345	GCAA	2	8	2189	2196	50 %	0 %	25 %	25 %	145294027
43	NC_009345	TGT	2	6	2197	2202	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294027
44	NC_009345	CAGG	2	8	2204	2211	25 %	0 %	50 %	25 %	145294027
45	NC_009345	GGC	2	6	2249	2254	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294027
46	NC_009345	TCG	2	6	2275	2280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
47	NC_009345	CTC	2	6	2286	2291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294027
48	NC_009345	AAC	2	6	2318	2323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294027
49	NC_009345	CTGC	2	8	2369	2376	0 %	25 %	25 %	50 %	145294027
50	NC_009345	TTC	2	6	2405	2410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
51	NC_009345	TCA	2	6	5793	5798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
52	NC_009345	CGC	2	6	5944	5949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294028
53	NC_009345	CG	3	6	5974	5979	0 %	0 %	50 %	50 %	145294028
54	NC_009345	GTG	2	6	6072	6077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294028
55	NC_009345	ATC	2	6	6139	6144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
56	NC_009345	TCG	2	6	6153	6158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294028
57	NC_009345	GCAG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	145294028
58	NC_009345	CAT	2	6	6214	6219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
59	NC_009345	GCG	2	6	6230	6235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294028
60	NC_009345	CG	3	6	6244	6249	0 %	0 %	50 %	50 %	145294028
61	NC_009345	T	6	6	6314	6319	0 %	100 %	0 %	0 %	145294028
62	NC_009345	GCT	2	6	6326	6331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294028
63	NC_009345	TCTG	2	8	6400	6407	0 %	50 %	25 %	25 %	145294028
64	NC_009345	GC	4	8	6427	6434	0 %	0 %	50 %	50 %	145294028
65	NC_009345	GCC	3	9	6488	6496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294028
66	NC_009345	CA	3	6	6520	6525	50 %	0 %	0 %	50 %	145294028
67	NC_009345	GGC	2	6	6562	6567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294028
68	NC_009345	GAAA	2	8	6571	6578	75 %	0 %	25 %	0 %	145294028
69	NC_009345	T	8	8	6672	6679	0 %	100 %	0 %	0 %	145294029
70	NC_009345	GTG	2	6	6744	6749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294029
71	NC_009345	CGC	2	6	6785	6790	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294029
72	NC_009345	TCA	2	6	6858	6863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294029
73	NC_009345	AGG	2	6	6870	6875	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	145294029
74	NC_009345	AGG	2	6	6879	6884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	145294029
75	NC_009345	CGG	2	6	6921	6926	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294029
76	NC_009345	TCTG	2	8	6931	6938	0 %	50 %	25 %	25 %	145294029
77	NC_009345	GCA	2	6	6973	6978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294029
78	NC_009345	CTT	2	6	7090	7095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294029
79	NC_009345	CGC	2	6	7116	7121	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294029
80	NC_009345	GTT	2	6	7190	7195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294029
81	NC_009345	TGG	2	6	7227	7232	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294029
82	NC_009345	GGC	2	6	7272	7277	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294029
83	NC_009345	CAG	2	6	7284	7289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294029
84	NC_009345	GC	3	6	7360	7365	0 %	0 %	50 %	50 %	145294029
85	NC_009345	GCCTT	2	10	7416	7425	0 %	40 %	20 %	40 %	145294029
86	NC_009345	GCC	2	6	7467	7472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294030
87	NC_009345	AGA	2	6	7596	7601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294030
88	NC_009345	TGA	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294030
89	NC_009345	GGGAG	2	10	7648	7657	20 %	0 %	80 %	0 %	145294030
90	NC_009345	CT	3	6	7720	7725	0 %	50 %	0 %	50 %	145294030
91	NC_009345	GC	3	6	7867	7872	0 %	0 %	50 %	50 %	145294030
92	NC_009345	GAT	2	6	7873	7878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294030
93	NC_009345	ATG	2	6	7933	7938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294030
94	NC_009345	CAT	2	6	7978	7983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294030
95	NC_009345	CAT	2	6	7989	7994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294030
96	NC_009345	GGCT	2	8	8008	8015	0 %	25 %	50 %	25 %	145294030
97	NC_009345	GCC	2	6	8059	8064	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294030
98	NC_009345	GAC	2	6	8092	8097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294030
99	NC_009345	TC	3	6	8141	8146	0 %	50 %	0 %	50 %	145294030

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.